L’organisation et le fonctionnement de l’INERA reposent sur :

(i). une Direction, avec ses services d’appui centraux ;

(ii). des Centres régionaux de recherches environnementales et agricoles (CRREA)
Ces structures constituent les lieux d’exécution opérationnelle des activités de recherche. Elles ont été mises en place dans le but de rapprocher la recherche des principaux utilisateurs : producteurs, structures de vulgarisation, les ONG, les projets et programmes de développement…
Un total de cinq centres régionaux de recherches environnementales et agricoles (CRREA) ont été créés et répartis suivant les zones agro-écologiques du pays. Il s’agit des centres suivants:

- CRREA du Centre, siège Saria (Koudougou),
- CRREA de l’Est, siège Kouaré (Fada-N’gourma)
- CRREA du Nord-Ouest, siège Di (Tougan),
- CRREA de l’Ouest , siège Farako-Bâ (Bobo-Dioulasso),
- CRREA du Sahel (Nord), siège Katchari (Dori)

Chaque CRREA comprend des stations, antennes et laboratoires de recherche et d’unités de production, et est dirigé par un délégué régional représentant le directeur de l’INERA dans la région concernée.
Il existe actuellement six stations principales (Saria, Kouaré, Di, Farako-Bâ, Katchari et Kamboinsé), deux stations secondaires (Niangoloko et Banfora) et trois antennes (Balla, Dindéresso et Vallée du Kou). Ces stations secondaires et antennes sont toutes situées dans le CRREA de l’Ouest.
En plus de ces stations et antennes, l’INERA dispose de plusieurs sites de recherche en milieu réel répartis sur l’ensemble du territoire.

(iii). un Centre de recherches environnementales, agricoles et de formation (CREAF) à Kamboinsé.

Ce centre situé à une quinzaine de kilomètres de la ville de Ouagadougou a une vocation de formation au profit des chercheurs, des techniciens de recherche, des vulgarisateurs, des producteurs… Il est le siège de tous les départements de recherche et abrite les laboratoires centraux.


Organisation scientifique

L’organisation scientifique de l’INERA repose sur quatre départements regroupant un total de seize programmes de recherche.

- Département Gestion des ressources naturelles/Systèmes de production (GRN/SP) qui comprend cinq programmes régionaux : Centre, Ouest, Nord-Ouest, Nord (Sahel) et Est ;

- Département Productions Végétales (DPV) qui comprend trois programmes : Céréales traditionnelles, protéagineux, cultures maraîchères, Riz et Coton ;

- Département Productions animales (DPA) qui comprend trois programmes : Bovins, Petits ruminants et Monogastriques (porcs et volailles) ;

- Département Productions forestières, qui comprend trois programmes : Amélioration de la production forestière, Valorisation des produits forestiers et Protection des ressources forestières.

Ces départements et programmes sont des unités de programmation, de coordination, d’exécution et de gestion scientifique.


Personnel

Le personnel de l’INERA comprend trois grandes catégories à savoir les chercheurs, le personnel technique et le personnel administratif et d’appui. L’effectif a connu une évolution depuis 1988 (voir Tableau ci-dessous).