L’INERA est un des quatre instituts de recherche du Centre National de la Recherche Scientifique et technologique (CNRST). C’est une structure publique spécialisée et officiellement mandatée pour assurer la formulation, l’exécution et la coordination des recherches environnementales et agricoles au Burkina. Son histoire a été marquée par les faits majeurs suivants :

Pendant la période 1960-1978, l’essentiel des activités de recherche était conduit par les anciens instituts français (IRAT, IRCT, IRHO, CTFT…).

Ce n’est qu’en 1978 que vit le jour l’Institut de Recherche Agronomique (IRA), qui en 1981 devait prendre l’appellation de Institut Voltaïque de recherches Agronomiques et Zootechniques (IVRAZ).

Suite à un certain nombre de réformes, notamment avec l’élaboration des lignes directrices d’organisation et d’administration des recherches au Burkina Faso, l’Institut d’Etudes et de Recherches Agricoles (INERA) vu le jour à partir de 1988.

Entre 1993 et 1995, sur instruction du Gouvernement, le Burkina Faso s’est engagé dans un processus de planification stratégique des recherches scientifiques.
Un plan stratégique des recherches scientifiques fut adopté en 1995 au sein duquel de nouveaux domaines ont été définis. C’est ainsi que l’Institut de l’Environnement et de Recherches Agricoles (INERA) vit le jour à partir de 1996 en tant qu’institut spécialisé chargé de la conduite des recherches dans les domaines agricoles et de l’environnement.